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Beschreibung
This volume describes different sequencing methods, pipelines and tools for metagenome data analyses. Chapters guide readers through quality control of raw sequence data, metagenomics databases for bacterial annotations such Greengenes, SILVA, RDP and GTDB, guide to 16S rRNA microbiome analysis and pipelines such as mothur, DADA2, QIIME2 , whole genome shotgun metagenomics data analyses pipeline… using MEGAN and DIAMOND, web service such as PATRIC, RDP, mothur, Kaiju, PhyloPythiaS, MG-RAST, WebMGA, MicrobiomeAnalyst, WHAM!, METAGENassist and MGnify: EBI-Metagenomics, MG-RAST Metagenomics Analysis. Then the chapters inform the readers regarding Third-generation sequencing (TGS) approaches as MinION sequencing and teaches use of Ubuntu Linux Virtual Machine configuration, clinical and environmental resistomes, use of FISH techniques and designing FISH probes, protocols for viral metagenomics, and comprehensive guideline for microbiome analysis usingmost used R packages. Written in the format of the highly successful Methods in Molecular Biology series, each chapter includes an introduction to the topic, lists necessary materials and methods, includes tips on troubleshooting and known pitfalls, and step-by-step, readily reproducible protocols. Authoritative and cutting-edge, Metagenomic Data Analysis: Methods and Protocols aims to be comprehensive guide for researchers to specialize in the metagenomics field. Dieses Produkt haben wir gerade leider nicht auf Lager.
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Technische Daten
Erscheinungsdatum
02.06.2023
Sprache
Englisch
EAN
9781071630716
Herausgeber
Springer US
Serien- oder Bandtitel
Methods in Molecular Biology
Sonderedition
Nein
Seitenanzahl
441
Einbandart
Gebundene Ausgabe
Schlagwörter
Sequencing, microbial ecosystem, MinION sequencing, Next-Generation Sequencing, shotgun metagenomics
Thema-Inhalt
PSAK - Genetik (nicht-medizinisch)
PSG - Mikrobiologie (nicht-medizinisch)
Höhe
254 mm
Breite
17.8 cm
Hersteller: Springer, Europaplatz 3, Heidelberg, Deutschland, 69115, ProductSafety@springernature.com, Springer Nature Customer Service Center GmbH
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